A qBittorrent kezelőfelülete rendkívül precíz kontrollt biztosít a letöltött fájlok felett, lehetővé téve a felhasználók számára, hogy még a folyamat elindulása előtt kiválogassák a szükséges tartalmakat. A torrent fájl vagy magnet link megnyitásakor egy részletes lista jelenik meg, ahol egyesével jelölhetjük ki a letölteni kívánt elemeket, így elkerülhető a felesleges adatok tárolása. A qBittorrent letöltés opciója program emellett támogatja a priorizálást, ami azt jelenti, hogy a fontosabb fájlokhoz „Maximális” vagy „Magas” prioritást rendelhetünk, biztosítva, hogy a sávszélesség nagyobb része ezekre koncentrálódjon, és hamarabb használatba vehessük őket.

A fájlok rendszerezése és integritása szintén kiemelt szerepet kap a kliensben, köszönhetően az automatikus fájlkezelési funkcióknak. A felhasználók beállíthatnak különböző célmappákat a befejezett és a még folyamatban lévő letöltéseknek, valamint kategóriák szerint (például dokumentumok, szoftverek, média) csoportosíthatják azokat a könnyebb visszakereshetőség érdekében. Különösen hasznos a szekvenciális letöltés opciója, amely a fájlokat az elejüktől a végükig, sorrendben tölti le, így a videófájlokba már a letöltés közben is belepillanthatunk, miközben a háttérben futó hash-ellenőrzés garantálja, hogy a lementett adatok bitre pontosan megegyezzenek az eredetivel.